1937年7月7日卢沟桥事变，标志着日本发动了全面侵华战争，随即平津、上海、南京相继沦陷。1938年10月底武汉失守后，一直到1944年6月，南岳衡山因交通便利和较好的防空条件，曾一度成为国民政府军事委员会抗战大本营，国共两党在此精诚合作，共御外辱。敌机曾数次飞临轰炸，终因云雾笼罩，无奈而返，现台湾的“衡山指挥所”即由此而来。期间召开了四次抗战史上著名的“南岳军事会议”，检讨得失，未雨绸缪；国共两党还联合创办三期“南岳游击干部训练班”，纵论时局，共商国是；在景区内为国民党抗战阵亡烈士建造了国内唯一的大型祠墓陵园——南岳忠烈祠，缅怀先烈，祭奠英灵，为中华民族不屈不挠的民族精神竖起了一座万古流芳的历史丰碑。一时间南岳衡山成为第二次世界大战反法西斯战争史上一座风云际会、万众仰止的抗战名山。特别是48天的衡阳保卫战，迫使东条英机下台，接任的冈村宁次，望着岿然不动的衡岳群峰，不得不放下屠刀，由此前往芷江受降。